¨Toen Bomhoff zelf minister was, heeft hij er ook niks van terecht gebracht.¨
Op 22 juli 2002 werd Bomhoff vicepremier en minister van Volksgezondheid, Welzijn en Sport van het kabinet-Balkenende I voor de Lijst Pim Fortuyn. Dit werd beschouwd als een opmerkelijke stap, omdat hij tot 2002 PvdA-lid was en als PvdA-econoom bekendstond. In zijn boek Blinde Ambitie[2] schreef hij dat hij Pim Fortuyn had bewonderd om zijn kritiek op het Nederlandse regentendom. Als directeur van NYFER en in zijn NRC-columns had hij meermaals gepleit voor een miljardeninvestering in volksgezondheid. Als minister kreeg hij de verantwoordelijkheid voor die sector. In september 2002 hanteerde hij het dreigement van aftreden om een aanzienlijk hoger budget te beschermen in de rijksbegroting voor 2003. In de troonrede van 2002 werd voor het eerst een "recht op zorg" erkend, als aanzet tot de afbouw van de wachtlijsten in de zorg. Bomhoff maakte daarmee als minister een begin door een aantal operaties vrij te geven, zodat ziekenhuizen en klinieken meer patiënten konden helpen.
In het kabinet kwam Bomhoff in conflict met de minister van Economische Zaken, zijn partijgenoot Herman Heinsbroek, toen die openlijk kritiek uitte op Bomhoffs rol als vicepremier. Na een suggestie van VVD-leider Gerrit Zalm drongen LPF-minister Roelf de Boer en zijn medestanders aan op het vertrek van Heinsbroek en Bomhoff. In interviews zeiden ze dat het LPF-bewindsliedenoverleg onwerkzaam was geworden door Bomhoffs vergadertechniek. Op 16 oktober 2002 ontstond de kabinetscrisis over de LPF, waarbij achtereenvolgens Bomhoff, Heinsbroek en ten slotte het voltallige kabinet aftraden.
Het boek Blinde Ambitie, dat Bomhoff schreef over zijn tijd in de regering, werd door premier Balkenende aangemerkt als controversieel, omdat Bomhoff het "geheim van het Kabinet" zou hebben geschonden. Mede door het dreigement van een gerechtelijk onderzoek werd het boek een bestseller met meer dan 30.000 verkochte exemplaren. In de zomer van 2003 liet Balkenende bekendmaken dat er nooit een onderzoek was gekomen naar de vraag of Bomhoff de regels had overtreden. Blinde Ambitie bleef het enige gedetailleerde boek over het kabinet Balkenende I.
...
Bomhoff kan beter alleen maar wat boeken blijven schrijven.